First Codon runs from top to bottom. Second Codon runs from left to right. Mouseover a point to see its details. You can save this page as a HTML.
| Rarely Used (0) | Frequently Used (1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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The background colour indicates the Host Relative Frequency. | ||
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The block colour in the center indicates the Optimized Sequence Relative Frequency. | ||
| This Amino Acid Pair does not occur in the Optimized Sequence. Hence no valid Codon Context comparison can be done, and the cell is black. |
| * | * | * | A | A | A | A | C | C | D | D | E | E | F | F | G | G | G | G | H | H | I | I | I | K | K | L | L | L | L | L | L | M | N | N | P | P | P | P | Q | Q | R | R | R | R | R | R | S | S | S | S | S | S | T | T | T | T | V | V | V | V | W | Y | Y | |||||||||||||||||||||||||
| T | T | T | G | G | G | G | T | T | G | G | G | G | T | T | G | G | G | G | C | C | A | A | A | A | A | C | C | C | C | T | T | A | A | A | C | C | C | C | C | C | A | A | C | C | C | C | A | A | T | T | T | T | A | A | A | A | G | G | G | G | T | T | T | |||||||||||||||||||||||||
| A | A | G | C | C | C | C | G | G | A | A | A | A | T | T | G | G | G | G | A | A | T | T | T | A | A | T | T | T | T | T | T | T | A | A | C | C | C | C | A | A | G | G | G | G | G | G | G | G | C | C | C | C | C | C | C | C | T | T | T | T | G | A | A | |||||||||||||||||||||||||
| A | G | A | A | C | G | T | C | T | C | T | A | G | C | T | A | C | G | T | C | T | A | C | T | A | G | A | C | G | T | A | G | G | C | T | A | C | G | T | A | G | A | G | A | C | G | T | C | T | A | C | G | T | A | C | G | T | A | C | G | T | G | C | T | |||||||||||||||||||||||||
| A | GCA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| A | GCC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| A | GCG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| A | GCT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| C | TGC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| C | TGT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| D | GAC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| D | GAT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| E | GAA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| E | GAG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| F | TTC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| F | TTT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| G | GGA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| G | GGC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| G | GGG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| G | GGT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H | CAC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H | CAT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| I | ATA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| I | ATC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| I | ATT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| K | AAA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| K | AAG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| L | CTA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| L | CTC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| L | CTG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| L | CTT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| L | TTA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| L | TTG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M | ATG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| N | AAC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| N | AAT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| P | CCA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| P | CCC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| P | CCG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| P | CCT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Q | CAA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Q | CAG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| R | AGA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| R | AGG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| R | CGA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| R | CGC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| R | CGG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| R | CGT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| S | AGC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| S | AGT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| S | TCA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| S | TCC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| S | TCG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| S | TCT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T | ACA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T | ACC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T | ACG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T | ACT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| V | GTA | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| V | GTC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| V | GTG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| V | GTT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| W | TGG | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Y | TAC | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Y | TAT | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | ■ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||